Η Ελληνική Ευαγγελική Εκκλησία έχει αναπτύξει μέσα στα χρόνια διάφορες πολύτιμες διακονίες που αγγίζουν πολλούς ανθρώπους μέσα και έξω από την εκκλησία.
Οι κυριότερες από αυτές είναι:
1. Κατασκηνώσεις
www.gec.gr/kataskin.htm
Τους καλοκαιρινούς μήνες λειτουργούν τρείς κατασκηνώσεις.... Στον Κάλαμο Αττικής, στη Λεπτοκαρυά Πιερίας και στην Μάκρη Αλεξανδρούπολης. Αφορούν όλες τις ηλικίες ανάλογα με την περίοδο.
2. Κ.Ε.Ν. ... Κίνηση Ευαγγελικής Νεολαίας
www.k-e-n.gr
Είναι ο σύνδεσμος των ομίλων νεολαίας όλων των εκκλησιών. Συντονίζει δραστηριότητες για νέους και οργανώνει συνέδρια νεολαίας.
3. Φιλήμων ... Κέντρο Απεξάρτησης
www.gec.gr/filimon
Βοήθεια για ανθρώπους που η εξάρτηση στις ουσίες τους έκλεψε την αξιοπρέπεια και την ουσία της ζωής. Λειτουργεί στη Θήβα.
4. Κεραμέας ... Κέντρο Απεξάρτησης
2ο Κέντρο Απεξάρτησης που λειτουργεί στη Βόρειο Ελλάδα λίγο έξω από την Θεσσαλονίκη www.kerameas.gr
5. Αστήρ της Ανατολής
www.gec.gr/astir
Το επίσημο περιοδικό της ΕΕΕ και το παλαιότερο έντυπο που εκδίδεται στην Ελλάδα απο το 1858.
6. Ιεραποστολικό έργο στην Αλβανία
www.gec.gr/mission
Η ΕΕΕ από την πρώτη στιγμή που άνοιξαν τα σύνορα της Αλβανίας το 1991 κατέβαλε κάθε προσπάθεια να διακονήσει Αλβανούς πρόσφυγες στην Ελλάδα αλλά και να αναπτύξει μεγάλο κοινωνικό και πνευματικό έργο μέσα στην Αλβανία.